Unter dem Thema „Pläne“ wurde bereits aufgezeigt, wie im Falle einer Ausnahme ein Ausnahmeplan erstellt wird. Als Ausnahme definiert PRINCE2® eine Situation, in welcher eine Abweichung über die vereinbarten Toleranzen hinaus eingetreten ist oder absehbar eintreten wird. Die Ebenen Managen und Liefern haben voneinander getrennte Toleranzen, auf der Ebene Liefern beziehen sich diese zum Beispiel auf die Arbeitspakete, auf der Ebene Managen auf die Phase. Ausnahmen werden jeweils an die nächst höhere Ebene eskaliert. PRINCE2® definiert sechs, entsprechend der PRINCE2® Projektdimensionen, Toleranzbereiche.